B2 · Episode 38 · 4:59
Open Science and Data Sharing in Research
This episode discusses data papers, code sharing, and citability in open science, explaining how researchers can enhance their academic value by openly sharing datasets and analysis code, and how new publishing models (e.g., JOSS, Zenodo) support reproducibility and recognition.
Source：RP87 / Wikimedia Commons · License：CC BY-SA 4.0
Transcript
Une chose peut- être intéressante liée
One interesting aspect related to the concept of open data is
à la notion d'ouverture des données, c'est ce qu'on appelle les data papers,
what are called ‘data papers’—articles about data—
donc les articles sur les données, qui sont un type d'article
a specific type of scholarly article that
qui permet finalement non pas de décrire le résultat d'une étude,
does not aim to describe the findings of a study,
d'une analyse sur les données,
nor the results of an analysis performed on the data,
mais de décrire un jeu de données brut qui va être finalement mis à disposition de
but rather describes a raw dataset that
la communauté.
will ultimately be made available to the research community.
Donc ça, c'est une façon de contrebalancer ce que je disais tout à l'heure où
So this approach helps balance what I mentioned earlier:
finalement les données, il y a un moment fou, finalement
making data openly available actually requires tremendous effort;
aller ouvrir des données
publishing data alongside a paper
accompagnées d'un article, c'est une façon de valoriser ces données.
is precisely a way to enhance the value of such data.
Pardon, voilà, les rendus citables, exactement.
Sorry—yes, exactly: making data citable.
Et donc la publication et la citation,
Thus, publishing and citing data
c'est quelque chose qui est très important pour les chercheurs,
is extremely important for researchers,
pour la carrière des chercheurs.
as it directly impacts their academic careers.
Qu'on aime ça ou non, c'est quand même le modèle dans lequel on est actuellement.
Whether we like it or not, this remains the prevailing evaluation system today.
Et donc ces articles sur les données permettent de faire un peu rentrer finalement
Therefore, these data papers help integrate open data practices
l'ouverture des données dans ce système qui existe.
into the existing academic evaluation system.
Mais je pense que de plus en plus on voit, donc
Yet I believe we’re increasingly seeing that
ça c'est le système classique de valorisation des résultats,
this traditional model of evaluating research outputs
mais je pense que de plus en plus on voit cette notion de science
is gradually giving way to the idea of open science itself,
ouverte qui devient quelque chose de valorisable.
which is now becoming a valued and recognized contribution.
Ça devient valorisable,
It is becoming assessable,
on peut penser aux compétences par exemple qu'on développe en science ouverte.
such as the skills developed through open science practice.
Prenons par exemple un
Take, for example, a PhD student or postdoc,
doctorant ou un postdoc ou même un chercheur qui aurait partagé des données,
or even a researcher who has shared data.
je pense que c'est quelque chose maintenant qu'on peut mettre dans un CV parce que
Today, such experience can legitimately be included in one’s CV, since
les groupes de recherche ont de plus en plus besoin de faire ça,
more and more research groups need to do exactly this,
et donc c'est une compétence qui est recherchée.
making it a highly sought-after professional skill.
Donc c'est quelque chose qu'au niveau personnel on peut aussi valoriser,
So, at a personal level, we can also value this.
et c'est important parce que pouvoir valoriser ses compétences au niveau personnel,
This is important because being able to recognize one’s own skills at a personal level,
ça veut dire que les personnes qui s'intéressent à la science ouverte ont plus de
means that people interested in open science,
chances finalement de rester dans le système.
are ultimately more likely to remain within the research system.
Et un autre type de valorisation.
And another type of recognition.
Je pense que de plus en plus, en dehors
I think increasingly—beyond just journal articles—
des articles, on va valoriser d'autres types de résultats pour une étude.
other types of research outputs will also be valued.
Donc on a déjà parlé de la possibilité de partager les données,
We’ve already discussed the possibility of sharing data,
qui vont être les données brutes, les données d'entrée, mais on peut aussi
such as raw data or input data—but we can also increasingly focus on sharing code.
regarder de plus en plus le partage du code.
Specifically, sharing the code used for analysis.
Donc ça va pas être forcément un outil
It won’t necessarily be a reusable software tool,
logiciel qui va être réutilisable,
but rather the code that describes the analysis performed.
mais plutôt le code qui décrit l'analyse qui a été effectuée.
Indeed, efforts are underway to make such code citable too.
Et bien ça, on voit des efforts pour rendre le code citable lui aussi.
Typically, this code is shared alongside a published article.
Et ça, typiquement, c'est partagé au sein d'un article.
What’s interesting is that today, more and more mechanisms exist,
Et ce qui est intéressant, c'est que maintenant, aujourd'hui,
allowing us to embed this code directly into the article.
de plus en plus, on a des mécanismes qui nous permettent d'aller mettre ce code dans
For instance, using Zenodo—which assigns a DOI,
l'article. Donc ça va être par exemple en utilisant Zenodo qui crée un DOI,
or using Software Heritage—which provides persistent URLs.
ça va être ou bien en utilisant Software Heritage qui nous permet d'avoir des URL
These URLs remain stable over time,
qui vont rester persistantes.
ensuring our code remains accessible later—something critically important.
que dans le temps, parce que c'est important d'être
So, this is ultimately the first main way to share code,
sûr que notre code sera accessible plus tard.
and it’s typically done within the context of an article.
Donc ça, c'est la première façon finalement de partager du code,
Yet we’re also seeing journals emerging,
et généralement, je dirais que ça se fait au sein d'articles.
specifically to recognize reusable libraries and tools.
Mais on voit aussi, pour valoriser plutôt des
They focus more on recognizing libraries and tools that others can reuse,
librairies, des outils qui vont pouvoir être réutilisés par d'autres,
rather than code written for a single analysis.
on voit des journaux.
Such journals are now emerging.
Je pense à JOSS, je crois, Journal of Open Science Software,
I'm thinking of JOSS—the Journal of Open Science Software.
qui est une façon assez
It's a fairly simplified approach,
simplifiée, qui se passe totalement sur GitHub, d'aller finalement publier
entirely hosted on GitHub,
un outil logiciel et de le rendre encore une fois citable.
ultimately publishing a software tool and making it citable once again.
Et là, ce journal- là se concentre vraiment
This journal focuses closely on
sur créer une procédure qui est la plus simple possible,
creating the simplest possible review process—
c'est- à- dire qu'un code qui est. . .
that is, reviewing code that is...
Et de vérifier un certain nombre d'aspects du code pour qu'il soit de bonne qualité,
and checking several aspects of the code to ensure its quality—
donc avoir de la documentation, qu'il puisse être
for instance, having proper documentation,
compréhensible par tous, peut- être
making it understandable to everyone,
avoir des guides sur comment contribuer et ainsi de suite.
and perhaps offering guides on how to contribute, and so on.
Donc ça, c'est un type d'article.
So this represents one type of article.
Et sinon, il y a d'autres journaux plus classiques
Otherwise, there are other more conventional journals
qui vont permettre de faire des articles sur ces outils logiciels,
that allow publishing scholarly articles about such software tools,
et donc là, on va publier l'outil tout seul.
and in those cases, only the tool itself gets published.
On avait opposé dans les
Earlier, in discussions about open-science journal models,
discussions sur les modèles de journaux scientifiques
particularly regarding the Episciences platform,
ouverts, notamment sur la question de Episciences,
we compared different models,
le fait que, tu connais Episciences?
do you know Episciences?