B1 · Episode 20 · 4:41
Gilles, bioinformatics professor (2): From mathematics to bioinformatics
Gilles recounts shifting from pure mathematics PhD work to applied fields, motivated by concerns for human life safety in software and the emergence of Genopole’s vibrant biology research environment.
Source：Qu'est-ce que Tu GEEKes ? · License：CC BY-SA 4.0
Transcript
Et puis quand tu y réfléchis bien, bah oui, pourquoi?
And then, when you think about it carefully, well yes, why?
Et du coup, ça ouvre l'esprit.
And thus, it opens the mind.
Ça, c'est un élément qui me plaît beaucoup, c'est vraiment d'être dans un milieu où
This is an element I really like—being in an environment where
les gens ont une profondeur de réflexion qui est assez remarquable.
people have a depth of reflection that is quite remarkable.
Et puis ils sont jeunes, donc c'est super agréable.
And they’re young, so it’s extremely pleasant.
Voilà, c'est des gens qui n'hésitent pas à réagir, etc.
That’s it—these are people who don’t hesitate to react, etc.
Et ça, c'est super agréable.
And that’s extremely pleasant.
Ok. Est- ce que tu pourrais nous présenter ton parcours qui t'a mené jusqu'à ce
OK. Could you walk us through your background that led you to this
poste? Alors au début, alors j'ai toujours été super doué en maths en fait,
position? Well, at first, I was actually exceptionally good at math,
j'avais régulièrement 19 ou 20 de moyenne en maths au lycée.
regularly scoring 19 or 20 in math in high school.
Et au début, je voulais faire des maths.
And initially, I wanted to study mathematics.
Donc j'ai fait un doctorat de maths en fait.
So I actually pursued a PhD in mathematics.
Et puis au milieu de mon doctorat de maths,
Then, during my mathematics PhD,
Enfin même plutôt sur la fin, je me
well, actually more precisely toward the end, I
rappelle très bien avoir discuté avec ma directrice de thèse de maths à l'époque.
very clearly remember discussing it with my mathematics thesis advisor at the time.
On avait fait un dessin au tableau où il y avait simplement deux lignes qui se
We had drawn a diagram on the board where there were simply two lines that
croisaient comme ça.
crossed like this.
Et puis comme on travaillait dans des espaces un peu particuliers et tout ça et tout
And then, since we were working in somewhat special spaces and all that and all
ça, on était tous les deux d'accord que ces deux lignes- là n'avaient pas
Yes, we both agreed that these two lines did not
d'intersection, ne se croisaient pas.
had no intersection, did not cross.
Et malgré le dessin au tableau.
And despite the drawing on the board.
Et je me suis dit là, je sais pas pourquoi, je me suis dit mais je suis en train de
And I thought right then—I don’t know why—I thought, but I’m working in such an abstract
travailler dans un tel abstrait
working in such an abstract field
que finalement je me retrouvais complètement
so that eventually I found myself completely
détaché de la vie de tous les jours, de la vraie vie.
detached from everyday life, from real life.
Et donc à ce moment- là, je me suis dit non, il faut que j'arrête les maths.
And so at that moment, I told myself: No, I have to stop doing math.
Et du coup, je me suis dit, qu'est- ce qui pourrait être, parce que j'aime les maths
And so I thought, what could there be—because I still like math
quand même. Et donc je me suis dit, qu'est- ce qui pourrait être
anyway. And so I thought, what could there be
proche des maths tout en étant
close to math yet
concret. Et donc l'informatique à l'époque, ça n'existait presque pas.
concrete. And so computer science at that time barely existed.
Il n'existait pas de master en informatique, c'était
There was no master's program in computer science; it was
juste une option d'un master de maths.
just an option within a mathematics master's program.
Donc je me suis reconverti vers l'informatique.
So I switched to computer science.
Alors j'ai eu de la chance, il commençait à se créer, c'était à
So I was lucky—it was just starting up, at
Orsay, ce qu'on appelait à l'époque un DEA, donc c'est l'équivalent d'un master 2
Orsay, what we then called a DEA—so it’s equivalent to a master’s year 2
d'informatique, donc je suis rentré là- dedans.
in computer science, so I enrolled in it.
En même temps que la fin de ma thèse.
At the same time as finishing my PhD thesis.
Et puis là où je m'attendais à des trucs extrêmement pragmatiques,
And where I expected extremely pragmatic topics,
finalement il y avait beaucoup de théories sous- jacentes, donc c'était super
there turned out to be a lot of underlying theory, so it was super
agréable. Et puis donc
enjoyable. And then
j'ai fait plutôt un bon DEA là- dedans, comme on dirait maintenant un bon L2.
I did rather well in that DEA—what we’d now call a strong L2.
Je suis entré en thèse du coup d'informatique.
I thus entered a PhD program in computer science.
Alors évidemment quand on a commencé à avoir l'habitude de faire une thèse,
Of course, once you get used to writing a thesis,
on va très très vite.
you progress very, very quickly.
J'ai fait ma thèse en un an et trois mois en informatique.
I completed my computer science PhD thesis in one year and three months.
Et puis j'ai trouvé un truc qui était un problème ouvert depuis pas mal de temps sur
And then I found something that was an open problem for quite some time regarding
ce qui s'appelait à l'époque le traitement d'exception.
what was then called exception handling.
Ça m'a valu d'être pas mal reconnu et du coup je suis rentré maître de conférences à
This earned me considerable recognition, and thus I joined
Normale Sup Redume.
École Normale Supérieure Rue d'Ulm as a lecturer.
Et à l'époque, le labo
At the time, the computer science lab
d'informatique venait de s'ouvrir,
the computer lab had just opened,
avant c'était complètement sous l'œil des mathématiques, et donc c'était agréable
before that it had been entirely under mathematics, and so it was also pleasant
aussi parce qu'on a monté en quelque sorte le labo d'informatique
because we essentially set up the computer science lab there.
là- bas. Bon, moi j'étais très jeune chercheur à l'époque, donc heureusement
Well, I was a very young researcher at the time, so fortunately
on avait des vieux profs qui savaient monter un labo, et c'était vraiment très très
we had senior professors who knew how to set up a lab, and it was truly, truly
très agréable de faire ça.
pleasant to do this.
Toujours pareil, avec des étudiants évidemment exceptionnels,
Always the same, with obviously exceptional students,
et donc ça c'était super agréable.
and so that was super pleasant.
Et puis après, je voulais monter ma propre équipe assez vite parce que j'avais plein
Then later, I wanted to set up my own research team fairly quickly because I had many
d'idées de recherche.
research ideas.
Et c'était l'époque où on ouvrait les
And it was the time when they were opening
nouvelles universités autour de Paris, donc ils ont ouvert l'université à Evry.
so they opened the university in Evry.
Donc du coup, au bout de cinq ans, je suis passé prof
So, after five years, I became a professor
à l'université.
a university professor.
Et là, à l'époque, je faisais du génie logiciel, je faisais pas du tout de la
At that time, I worked in software engineering, not at all in
bioinformatique.
bioinformatics.
Je faisais du génie logiciel, alors formel, en utilisant de la logique formelle et
I worked in formal software engineering, using formal logic and
pas mal de mathématiques.
quite a bit of mathematics.
Et ça permettait du coup de
This allowed us to
prouver la correction de logiciels, c'est à dire grosso modo quand il y a des vies
prove the correctness of software—that is, roughly speaking, when human lives were at stake,
humaines en jeu, il s'agissait d'établir que le logiciel n'allait pas avoir des bugs
it was about ensuring the software wouldn’t have bugs that could endanger human lives.
qui risquaient de mettre en jeu des vies humaines.
bugs that could endanger human lives.
Et puis là dessus, il y a eu le Téléthon, le gars
Then came the Téléthon; the person who ran the Téléthon
qui pilote le Téléthon a décidé d'installer à Hydris ce qu'on appelle Genopole.
decided to set up what’s called Genopole at Hydris.
Et d'un seul coup, j'ai vu arriver plein de biologistes super doués,
And suddenly, I saw many highly skilled biologists arriving,
avec des gros labos, qui faisaient des tas de trucs qui avaient l'air passionnants.
with major labs, doing lots of things that looked exciting.
Et du coup, je suis allé voir le chef de Genopole, j'ai dit,
So I went to see the head of Genopole and said,
voilà, à l'époque j'étais donc directeur du laboratoire d'informatique à Evry.
At that time, I was director of the computer science lab in Evry.
Et bien voilà, ça pourrait nous intéresser qu'on bascule
Well, this could interest us in switching
pour une majorité d'entre nous vers la bioinformatique pour voir un peu
for a majority of us, toward bioinformatics to see how
comment on peut aider les biologistes.
we can help biologists.