B1 · Episode 21 · 4:15
Gilles, bioinformatics professor (3): Lab-wide transition to bioinformatics
Gilles describes how his entire lab spent three years learning biology—not to master facts, but to understand what biologists consider meaningful results, enabling targeted computational support.
Source：Qu'est-ce que Tu GEEKes ? · License：CC BY-SA 4.0
Transcript
Et donc je suis partant, mais il faut donner à tout mon labo des cours de biologie.
So I'm on board, but we need to give biology courses to my entire lab.
Et donc pendant trois ans, on a suivi des cours de biologie entre midi et deux,
And so for three years, we took biology classes between noon and two,
avec sandwich, etc.
with sandwiches, etc.
Et puis, alors quand je dis trois ans, on a triplé, c'est- à- dire chaque année on a
And then, when I say three years, we tripled—that is, each year we
eu le même programme.
had the same program.
Parce que quand on vieillit, on a du mal à se mettre à ce point- là à une nouvelle
Because as we age, it's hard to immerse ourselves completely in a new
discipline. Enfin, quand je dis vieillis, à partir de 30 ans.
discipline. Anyway, when I say 'age,' I mean starting from age 30.
Et donc du coup, voilà, on a triplé, mais on a fini par comprendre un peu de quoi il
So as a result, we tripled, but we eventually began to grasp what it was all about.
retournait. Et l'objectif de nos profs, ce n'était pas tant de nous apprendre de la
And the goal of our professors wasn't so much to teach us biology as to teach us what biologists cared about as results.
biologie que de nous apprendre ce qui intéressait les biologistes comme résultat.
biology, but rather to teach us what biologists consider a good research outcome.
Qu'est- ce qui est considéré comme un bon résultat de biologie?
What counts as a good biology result?
De sorte qu'on a tout de suite vu où est- ce que l'informatique pouvait les faire
So we immediately saw where computer science could help them
avancer beaucoup plus vite.
advance much faster.
Voilà, donc du coup, au bout de trois ans, j'avais 70% de mon labo qui s'était
So after three years, 70% of my lab had reoriented toward bioinformatics.
reconverti à la bioinfo.
reoriented toward bioinformatics.
Et donc voilà, c'était super.
And so, that's it, it was great.
Et puis ensuite, il y a une
And then, there is a
limite sur le nombre d'années où on peut être directeur de labo au CNRS.
limit on the number of years one can serve as lab director at CNRS.
Et donc j'ai monté un
So I set up a
institut pluridisciplinaire avec un collègue biologiste, et puis j'ai donc donné la
pluridisciplinary institute with a biologist colleague, and then I handed over the
succession de la direction de mon labo à mon directeur adjoint,
leadership of my lab to my deputy director,
en fait. Enfin, il y a eu des élections et tout, bien sûr, voilà.
in fact. Well, there were elections and all that, of course, that's it.
Et puis. À ce moment- là, je
And then. At that time, I
commençais un peu à m'ennuyer, je trouvais qu'on finissait
started getting a bit bored, I felt we were ending up with the same collaborations, etc.
par avoir toujours les mêmes coopérations, etc.
always ended up with the same collaborations, etc.
Et puis c'est monté l'école
Then came the
Polytech dont je vous ai parlé au début.
Polytech school I mentioned at the beginning.
Et cette école Polytech, c'était un regroupement d'une école d'ingénieur en
And this Polytech school was a grouping of an engineering school in
mathématiques, d'une école d'ingénieur en informatique,
engineering school in computer science, and a
d'un master professionnalisant en biologie.
professional master's program in biology.
Et ils avaient besoin d'une équipe de gens qui étaient capables de faire parler tous
And they needed a team of people who were capable of making everyone speak.
ces gens- là ensemble.
these people together.
Alors évidemment, mathématiques, informatique, biologie, ça me parlait.
So obviously, mathematics, computer science, biology—these spoke to me.
Et comme il y avait pas mal de postes, j'ai pu venir avec mon meilleur maître de
And since there were quite a few positions, I was able to come with my best master.
conf, nos meilleurs thésards, etc.
conference, our best PhD students, etc.
Et tout de suite j'ai eu une équipe de quatre ou cinq personnes.
And right away I had a team of four or five people.
Et donc ça m'a permis de ne pas avoir de rupture dans la recherche
And so it allowed me to avoid a break in the research.
tout en ayant un enseignement dans un milieu qui était vraiment très rigolo avec des
while receiving instruction in an environment that was truly very fun, with
gens qui se connaissaient pas au départ et puis de la pluridisciplinarité à mettre
people who didn’t know each other at the start, then multidisciplinarity to incorporate.
en place quoi.
in place what.
Donc c'était assez agréable.
So it was quite pleasant.
Et puis, c'est avéré finalement que les informaticiens, quand on est à Sophia
And then, it turned out finally that computer scientists, when we're in Sophia
Antipolis, c'est la plus grande technopole d'Europe Sophia Antipolis,
Antipolis, it's Europe's largest technology park Sophia Antipolis,
et là il y a énormément d'informatique à Sophia Antipolis.
and there is a great deal of computer science in Sophia Antipolis.
Donc les informaticiens, ils avaient pas très envie de faire de la bio parce que de
So computer scientists weren’t very eager to do biology because
toute façon il y avait énormément de jobs où on avait besoin d'eux sur Sophia
Anyway, there were a huge number of jobs in Sophia where they were needed.
Antipolis dans l'informatique pure.
Antipolis in pure computer science.
Si bien qu'on a fait la bioinformatique uniquement aux biologistes,
So we taught bioinformatics exclusively to biologists,
voilà. Et c'est pas si mal parce que là, du coup, on a des gens qui savent pourquoi
there you go. And it's not so bad because now, as a result, we have people who understand why
ils ont besoin de la bioinformatique, en fait.
they actually need bioinformatics.
Donc voilà en gros le parcours que j'ai fait.
So that's roughly the path I've taken.
Super. Alors, c'est connu qu'en informatique, la proportion d'hommes et de femmes
Great. It's well known that in computer science, the ratio of men to women
est vraiment complètement déséquilibrée, il y a beaucoup plus d'hommes que de
is extremely unbalanced—there are far more men than women.
femmes. Comment toi tu l'as ressenti au cours de ta carrière?
How have you experienced this during your career?
Alors, quand j'étais jeune, je voyais pas où était le problème.
Well, when I was young, I didn't see where the problem lay.
Moins de trente ans, tant que j'étais pas
Before age thirty, as long as I wasn't
directeur de labo, je voyais pas où était le problème.
lab director, I didn't see where the problem lay.
Je me disais, il y a des concours, les gens les passent, bon voilà.
I thought, there are exams, people take them—so there you go.
Et puis, quand j'ai été directeur de labo, je me suis vite rendu compte que ça
Then, when I became lab director, I quickly realized that this
déséquilibrait pas mal la manière
heavily skewed the way things were done.
de faire de la recherche.
conduct research.
Et puis bon. Il y a des questions d'ego qui s'expriment très fortement chez les
Then well. Ego-related issues manifest very strongly among males, and it wasn't necessarily pleasant to
mâles, et ce n'était pas forcément agréable de
in males, and it wasn't necessarily pleasant to
mener un laboratoire dans cette ambiance- là.
run a lab in that atmosphere.
Alors j'ai fait un truc tout bête.
So I did something very simple.
C'est que dans les recrutements, alors dans les labos, il faut d'abord que je
is that in recruitments, well, in labs, I first need to
précise qu'il y a ce qu'on appelle les Rang A et les Rang B.
clarify that there are what we call Rank A and Rank B positions.
Donc les Rang B, c'est en gros les jeunes, les jeunes de mes en poste,
So Rank B positions are basically young people, the young faculty members in my institution,
donc maître de conférences et chargés de recherche au CNRS.
so maîtres de conférences and chargés de recherche at CNRS.
Et puis il y a les Rang A, c'est les professeurs d'université ou bien les directeurs
And then there are Rank A positions, which are university professors or directeurs de recherche at CNRS.
de recherche au CNRS.
directeurs de recherche at CNRS.
Et évidemment, le problème, il est essentiellement dans les Roms.
And obviously, the problem lies essentially with the Romani people.
Dans les Roms, il n'y a quasiment que des hommes.
Among the Romani people, there are almost exclusively men.
Et donc du coup, ce que j'ai fait, c'est que dans les recrutements de profs,
And so, what I did was, in professor recruitments,
systématiquement.
systematically.